在使用中離子色譜柱常見的故障如下：

　　1、柱壓升高，檢查流路沒有阻塞的前提下，更換色譜柱過濾網板，一般情況下更換保護柱進口端的網板。

　　2、分離度降低，可以是由于色譜柱的柱效降低或選擇改變所引起的，可以通過適合的清洗對離子色譜柱進行清洗，或者改變離子色譜的流動相來改善分離。

　　3、死體積增大，由于分離柱入口樹脂壓力使樹脂造成空隙或者樹脂壓碎而成，使離子色譜分離度下降、分叉等，這時可以填充相同類型的樹脂和惰球樹脂球以減少死體積。而對于受污染的離子色譜柱，一般要進行清洗，清洗前一定要將色譜柱與抑制器斷開，保護柱和分離柱分開清洗，或者將保護柱接在分離柱之后進行清洗。

　　離子色譜柱是離子色譜儀的核心部件之一，樣品中各種離子的分離均在色譜柱中完成，并且一般比常規液相色譜柱價格要貴很多。因此維護保養十分重要。接離子色譜柱前確保系統已清洗干凈。色譜柱在任何情況下不能碰撞、彎曲或強烈震動；很多單位的離子色譜儀是陰、陽離子混用的，因此，接色譜柱前，一定要保證整個離子色譜儀上的所有閥件或管路已清洗干凈，避免造成色譜柱堵塞。

　　確保色譜柱不進入顆粒物，樣品一定要經過預處理，去除顆粒物等會給泵和色譜柱帶來負擔的物質。確保離子色譜柱不干燥，每天分析工作結束后，要清洗進樣閥中殘留的樣品，還要用適當的溶劑來清洗柱；若分析柱長期不使用，要參照色譜柱保存辦法，在沖洗干凈后，對陰離子柱要通入一定濃度的堿（對陽離子柱要通入一定濃度的酸），并將色譜柱取下兩端密封保存。

　　確保色譜柱在一定壓力、流速條件下運行，儀器使用時一定要先檢查整個流動管路中是否有氣泡，如果有，需要先將氣泡排除后再將色譜柱接上，防止將氣泡帶到色譜柱中。因為色譜柱中裝填的樹脂顆粒很小，氣泡進入后將影響樹脂和樣品中離子的交換，同時氣泡也將影響基線的穩定性。