在使用中離子色譜耗材常見的問題是鬼峰或交叉污染，污染主要是由鬼峰或交叉污染造成的。如果額外鬼峰的峰寬與樣品峰的類似（具有類似的保留時間），則污染物很可能是與樣品同時進入色譜柱的。進樣器中可能存在額外的化合物（即污染物）或樣品本身存在這些化合物。溶劑、樣品瓶、瓶蓋和注射器中的雜質只是某些可能的污染源。進樣樣品和溶劑空白有助于發現可能的污染物源。

　　如果鬼峰峰寬比樣品峰寬很多，則污染物極可能在進樣樣品時已存在于色譜柱中。這些化合物在上一次氣相色譜進樣結束時已存在于色譜柱中了。它們會在下次分析時洗脫，并且通常峰很寬。有時，多個鬼峰來自于多次進樣疊加，因此，洗脫時呈現圓丘峰或圓包峰。這樣的鬼峰常常隨基線的漂移或偏離而出現。提高溫度程序溫度或延長時間，是較大限度減少或消除鬼峰的方法之一。另外，在每次進樣后或進行一系列進樣后進行短暫烘烤，也可以從色譜柱中去除保留性較強的合物，從而避免導致出現問題。